Il Museo Civico di Storia Naturale è il più antico museo civico milanese ed è oggi il centro delle attività del Giardino delle Scienze, che comprende due grandi laboratori didattici, Paleolab e Biolab, e il Civico Planetario Ulrico Hoepli.

Il museo si compone di sette sezioni, impegnate essenzialmente in due attività: ricerca scientifica nei diversi campi naturalistici di competenza e salvaguardia, conservazione e incremento delle collezioni, depositate presso questo istituto. Sono inoltre organizzate svariate attività didattiche e laboratori interattivi.