L'esigenza di arricchire la città di un museo di Scienze Naturali nasce nel 1871 e come sede fu scelta l'attuale biblioteca Angelo Maj. Dopo vari trasferimenti nel corso degli anni, con relativo incremento delle collezioni, negli anni '60 il museo venne trasferito nell'attuale sede: un palazzo Visconteo in Piazza Cittadella.
Nel percorso espositivo è possibile osservare una grande varietà di animali e scoprirne le caratteristiche morfologiche, le abitudini di vita e le strategie riproduttive. Nelle sale dedicate ai vertebrati sono state allestite alcune vetrine tattili che danno la possibilità di manipolare gli oggetti esposti; alcuni microscopi inoltre sono a disposizione dei visitatori per osservare diversi preparati. Oltre duemila reperti sono esposti nella sezione di geologia del Museo, tra essi si impongono le ricostruzioni di un Allosauro, un dinosauro carnivoro giurassico e di un grande mammut dell'era glaciale. Nel recente allestimento "Bergamo…220 milioni di anni fa" reperti di eccezionale importanza scientifica mostrano la ricchezza dei giacimenti triassici del territorio bergamasco; rettili volanti, terrestri ed acquatici, pesci ed insetti testimoniano la vita di quel lontano periodo geologico.Nella nuova sezione Etnografica si possono ammirare manufatti ed oggetti di grande rilevanza artistica e rituale attribuibili a culture tradizionali del continente africano ed americano che offrono la possibilità al visitatore di compiere un viaggio virtuale in luoghi lontani nello spazio e nel tempo.