L'agente segreto Ethan Hunt (Tom Cruise) resta coinvolto insieme alla sua squadra in un attentato terroristico al Cremlino e viene messo al bando dal governo americano. Ma quando il Presidente lancia l'operazione "Protocollo Fantasma", il team agisce in maniera indipendente e senza alcuna copertura per evitare lo scoppio di una guerra nucleare.